Jaunųjų mokslininkų psichologų konferencijoje kiekvienais metais yra skiriamos trys mokslo premijos: pirmo, antro ir trečio laipsnio. Premijų skyrimo nuostatai:

1. Premijuojami vertingiausi moksliniu požiūriu, geriausiai paruošti pranešimai.
2. Premija skiriama vertinant atsiųstą pranešimo medžiagą, o ne jo pristatymą.
3. Premijuojamus pranešimus išrenka mokslo komitetas.
4. Mokslo komitetui vertinti teikiami pranešimai, kurie yra pasiūlyti vertinimui recenzentų arba organizacinio komiteto.
5. Mokslo komiteto nariai gauna atrinktus pagal 4 punkte aprašytą tvarką pranešimus be autorių pavardžių.
6. Pranešimų vertinimo tvarka: kiekvienas mokslo komiteto narys išrenka tris geriausius pranešimus ir surikiuoja juos eilės tvarka nuo geriausio (geriausiai įvertintam pranešimui skiriami 3 balai, antram – 2, trečiam – 1 balas), susumavus balus, daugiausia balų surinkęs pranešimas gauna pirmo laipsnio mokslo premiją, antrą pagal didumą balų skaičių – antro laipsnio premiją, trečią – trečio laipsnio. Jei du ar daugiau pranešimų surenka vienodą balų skaičių, premija skiriama tam, kuriam daugiau balų skyrė mokslo komiteto pirmininkas.
7. Premijos įteikiamos per Jaunųjų psichologų mokslininkų konferenciją, premijų laureatai nėra iš anksto informuojami.
8. Dalyviui, kuriam buvo paskirta premija, neatvykus į konferenciją ir nepristačius pranešimo, jo premija pagal 6 punkte aprašytą tvarką gali būti skirta kitam dalyviui.